针对组织的覆灭行动大体结束后，便是漫长的追捕和各方利益分配、以及世界各地的炸\弹拆除进展。
那些犯罪分子的处决、组织资料的归属、实验室的分配问题，都是接下来会议所要一一商讨、你来我往的。江莱本身对这个不感兴趣，不过，转念一想小昭的情况后，还是重新提起精神，百分百凝聚起注意力参加了。
解除冻龄以及APTX4869的解药，都依然交给之前有经验和部署的公安研究所来进行。有了江莱从组织里拿到的完整的药物数据，解药的几乎是短短时间便被制作了出来。
在确保药物安全后，江莱拿到了解除冻龄的解药，递给了黑泽昭。
他温和地注视着黑泽昭，没有多言什么，静静等待着对方的选择。
银发小少年有些发愣地看着手中那一颗小小的解药。他一直期盼的长大就在眼前，而一旦他吃下这颗小药片，一切或许就将发生翻天覆地的转变。
“……江莱哥哥。”黑泽昭迟疑地叫了一声。
“我在。”江莱回答，他坚定语气、笑道，“我一直在。”
黑泽昭抬起灰绿色的眼眸，注视着面前的黑发青年，轻风拂起他的发丝，温柔地抚摸过脸颊，挟裹着青草和遥远的花香。
银发小少年慢慢露出一个灿烂的笑容：“……嗯。”
而后他毫不犹豫地拿起一侧的水杯，喝下了这枚解药。
——缺失的童年早已被弥补，而未来还有家人们相伴。就算不在身边，也是永远的家人。
小昭已经可以从胆怯失去的壳中走出，成长为真正的大人了。
APTX4869的解药也被制造出来，给了江户川柯南和灰原哀。曾经的东京救世主——工藤新一终于再度回归，小兰的等待也终于迎来相遇的时刻，新闻上重新出现他年轻又有朝气的面孔。
宫野明美还活着，灰原哀也喝下解药、变为宫野志保，和姐姐相互陪伴。
柯南、灰原哀、黑泽昭离开帝丹小学，对少年侦探团孩子们的解释是出国，孩子们虽然有些失落，但他们依然真诚祝福朋友们未来更好。
他们很快又迎来了新的朋友。新的学期重新分班，小夏目和小黑子转到了少年侦探团的班级，并也加入了少侦团，大家一起欢快地继续孩子们的破案游戏。
组织被捣毁，但是隐藏阵营的人还在，他们中的很大一部分是曾经的科研人员，经过高层们许久的讨论，最终决定如当初那些人的愿望一般，恢复曾经造福人类的联合研究所。
这一次，规则的建立和个人的权力问题都被提前规划制作出来，确保不会再诞生下一个不可逆转的悲剧。
而这个联合研究所的临时管理者，在各方讨论与争执后，最终还是落在了研究所原有的BOSS、隐藏BOSS身上——